Meses antes de la desaparición del CD Málaga, los directivos desligaron al Club Atlético Malagueño, que tenía diferente número federativo, para que no se viese también abocado a la desaparición, lo que hubiese provocado que el Fútbol en Málaga tuviese que haber empezado desde las últimas categorías.
En este período de transición, antes de que se constituyese en Sociedad Anónima Deportiva y adoptase la denominación de Málaga Club de Fútbol, el Club Atlético Malagueño compitió en Tercera División en la campaña 1992/93, donde consiguió el ascenso a la división de bronce del fútbol español, la Segunda División B. Sin embargo, la precaria situación económica condicionó la planificación deportiva y en la temporada 1993/94 se consumó nuevamente el descenso a Tercera División.
El debut como primer equipo de la ciudad se produjo ante la UD San Pedro, en 1992, con victoria por 2-1. Ya desde las primeras jornadas, el Malagueño se destacó en cabeza, acabando la liga regular como campeón de grupo perdiendo sólo 2 encuentros en toda la temporada, precisamente ambos ante el Almería CF. Encuadrado en el Grupo D1 en la fase de ascenso, le tocaron como rivales Mairena, Manzanares y Cristian Lay (de Jerez de los Caballeros), logrando ante este último equipo un agónico ascenso en tierras extremeñas el 27 de junio de 1993.
Gran documento, un poquito de autobombo nunca viene mal